Сначала вспомним, с большой или маленькой буквы нужно писать названия должностей. Для этого откроем справочник В. В. Лопатина с правилами орфографии и пунктуации. Вот что там пишется:
- Названия должностей, званий, титулов пишутся со строчной буквы: президент, канцлер, председатель, министр, премьер-министр, заместитель министра, директор и т. д.
- В официальных текстах названия высших государственных должностей и титулов пишутся с прописной буквы: Президент Российской Федерации, Председатель Правительства РФ, Председатель Государственной думы.
- В неофициальных текстах эти же названия пишутся со строчной буквы: выборы президента, выступление председателя Госдумы, распоряжение премьер-министра, приём у королевы.
После названий должностей заведующий, управляющий имя существительное ставится в творительном падеже.
Заведующий отделом. Командующий флотом.
Почему? Потому что они произошли от причастий, после который необходим творительный падеж.
Читать ещё: Согласно закону или закона: какой падеж нужен после слова «согласно»
Человек, управляющий отделом. Управляющий (чем?) отделом.
Теперь процитируем ответы справочной службы портала Грамота.ру
1. Если речь идет об отделе как структурном подразделении лаборатории, то правилен вариант «заведующий отделом лаборатории».
2. Корректное название должностей: заведующий отделом обслуживания, заведующий читальным залом. Соответственно в контексте: принята на должность заведующего отделом обслуживания; принята на должность заведующего читальным залом.
Отсюда и разговорные сокращения завотделом, завкафедрой, замдекана, завбиблиотекой.
Сокращения с точкой являющиеся нормативными и общеупотребительными: зав. библиотекой, зам. декана, зав. отделом.
О русском языке пишу на своём телеграм-канале «Буква Ё»